Svenska litteratursällskapet i Finland är huvudfinansiär för Zacharias Topelius Skrifter, enligt beslut 2005 av sällskapets styrelse. Utgåvan är omfattande – en av de största i Svenska litteratursällskapets historia – och förutsätter medfinansiering av externa samarbetspartner. Utgivningsprojektet, som är av nationell betydelse, strävar därför aktivt efter att etablera samarbetsformer med andra institutioner som fonder, stiftelser, universitetsinstitutioner, arkiv, kommuner etc. Den bärande idén är att andra samarbetspartner stöder utgivningsprojektet finansiellt under bestämda tidsperioder (t.ex. 3–5 år) eller genom andra former av medverkan.
Finska Vetenskaps-Societeten har som första samarbetspartner förbundit sig att från 2006 stöda Zacharias Topelius Skrifter kontinuerligt under den planerade utgivningstiden.
Undervisningsministeriet har i december 2006 beviljat Zacharias Topelius Skrifter ett specialunderstöd för främjande av forskning samt utveckling av projektets digitala arbetsmetoder och nätmaterial under perioden 2006–2007.
Svenska kulturfonden anslöt sig våren 2007 till raden av externa finansiärer inom Zacharias Topelius Skrifter genom att bevilja ett allmänt understöd för utgåvan.
Finska Kulturfonden stöder från hösten 2007 det delområde inom utgivningsprojektet som består av Topelius verk och manuskript om Finlands historia och geografi.
Svenska Folkskolans Vänner understöder delområdet Barn- och ungdomslitteratur inom utgåvan under perioden 2008–2010.
Nationalbiblioteket tillhör utgåvans samarbetspartner och bistår redaktionen med en rad tjänster och praktiska arrangemang. Som förvaltare av Topeliussamlingen innehar Nationalbiblioteket en central roll för utgivningsprojektet.
Statens konstmuseum och dess enheter, Centralarkivet för bildkonst och Konstmuseet Ateneum, tillhör sedan januari 2009 utgåvans samarbetspartner. Parterna har överenskommit om ömsesidigt samarbete inom ramen för utgivningsprojektet.