Bland Topelius litterära kvarlåtenskap finns en mängd material om privatpersonen Topelius. Han skrev dagbok i sin ungdom och var en flitig brevskrivare hela sitt liv. Han förde också en mängd olika krönikor och förteckningar som berör privatlivet och familjen, t.ex. Pantheon Amicorum, som är en förteckning över den unge Topelius vänner. Senare skrev han en dagskrönika med korta dagboksanteckningar (1858–1882), listor över julklappar till familjen, barnbarnens krönika m.m.
Det första brevet av Topelius hand som finns bevarat är skrivet till kusinen och informatorn Frans Toppelius då Topelius var åtta år gammal. Sitt sista brev skrev han den 9 januari 1898, ungefär en månad innan han dog.
En stor del av korrespondensen är brev till familjen. Han skrev till modern i Nykarleby och på sina resor till hustrun och döttrarna. Men Topelius korresponderade också med de flesta betydande kulturpersonligheter i Finland under 1800-talet och med ett stort antal författare, musiker, skådespelare m.fl. i Skandinavien och det övriga Europa. I Topelius brevsamling ingår även hundratals brev från barn, skolklasser och andra beundrare i Finland och Sverige.
I Helsingfors universitetsbiblioteks Topeliussamling finns omkring 1 400 brev av Topelius, de flesta som avskrifter, utkast eller kopior. Originalen måste man söka i otaliga mottagares samlingar i Norden, Europa och USA. Omkring 3 300 brev adresserade till Topelius finns också bevarade.
Topelius uppgjorde ett brevdiarium över en stor del av de brev han mottog och skrev under åren 1833–1898. Dessa förteckningar i tabellform är utspridda över flera anteckningsböcker och de ger en mycket intressant inblick i hans korrespondens.
En liten del av Topelius korrespondens utgavs 1956 och 1960 av dottersonen Paul Nyberg i volymerna Konstnärsbrev. Där ingår brev till och från Johan Ludvig och Fredrika Runeberg, Fredrik Pacius, Fredrika Bremer, Carl Anton Wetterbergh och Bernhard von Beskow. Den omfattande brevväxlingen med den danske författaren och historikern Frederik Barfod är utgiven av Barfods dotterson 1908.
Redan i tioårsåldern förde Topelius sporadiskt dagboksliknande anteckningar i almanackor. Men mellan åldern 14 och 22, mellan den 1 oktober 1832 och 31 december 1840, skrev han en utförlig och personlig dagbok. Han skrev dagligen, både om vad han gjorde och vem han träffade, vad han tänkte och tyckte. Det är tydligt att det är en blivande författare och krönikör som skriver, språket är rikt, pennan flyter. Topelius skrev dagböckerna för sig själv, men enligt tidens sed lät han ibland nära vänner läsa stycken ur dem. Mot slutet av 1830-talet börjar dagboken innehålla allt fler allmänna politiska och aktuella betraktelser. Dagböckerna är en unik källa till 1830-talets kulturhistoria.
Dagböckerna omfattar sammanlagt över 1 300 tättskrivna sidor i 25 mindre och större häften, som bevaras i Helsingfors universitetsbibliotek. Mellan 1918 och 1924 gavs dagböckerna ut i tryck av dottersonen Paul Nyberg.
Topelius uppfann en egen chifferskrift och piktografiska tecken som han använde i dagboken då han skrev om känsliga ämnen, oftast om flickor. Chiffret har dechiffrerats av Valfrid Vasenius och i den tryckta versionen är chifferskriften utskriven med vanliga bokstäver.
Topelius skrev på äldre dagar något som han kallade Självbiografiska anteckningar, som publicerades 1922. Han började diktera sina minnen om släktens historia för sina döttrar under familjens vistelse i Cannes vintern 1876. Denna diktamen fortsatte sporadiskt under hela 1880-talet och avslutades 1895. Utgåvan är kommenterad av Paul Nyberg.
Konstnärsbrev. Urval ur den Topeliuska samlingen, utg. Paul Nyberg, Skrifter utgivna Svenska litteratursällskapet i Finland 360, Helsingfors 1956.
Konstnärsbrev, del II, utg. Paul Nyberg, Skrifter utgivna Svenska litteratursällskapet i Finland 381, Helsingfors: 1960.
Zacharias Topelius, Självbiografiska anteckningar, utg. Paul Nyberg, Helsingfors: Schildts 1922.
Zacharias Topelius, Fästmansbrev i urval, utg. Paul Nyberg, Helsingfors: Söderströms 1948.
la Cour, L.F., "Zacharias Topelius og Fredrik Barfod. En brevveksling", Förhandlingar och uppsatser 21. 1907, Skrifter utgifna af Svenska litteratursällskapet i Finland 81, Helsingfors 1908.
För smakprov ur ungdomsdagboken hänvisas till webbplatsen Nykarlebyvyer, där delar av dagböckerna finns publicerade.